您在将农村自建房房产证资料递交给国土局后，若长时间未得到处理，确实有权进行投诉。根据《中华人民共和国行政许可法》的相关规定，行政机关应当在法定期限内作出行政许可决定，逾期未答复的，申请人可以依法申请行政复议或提起行政诉讼。建议您先咨询国土局了解申请进度，若无明确答复或处理，再考虑通过法律途径维护自身权益。
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若国土局未处理您的房产证申请，根据不同情况，您可以采取以下措施：1.首先，通过电话或书面方式向国土局查询申请状态，了解是否遗漏或材料不全；2.若国土局未给予明确答复，可向上级行政机关反映情况；3.如仍无进展，考虑向当地法院提起行政诉讼，要求行政机关履行职责。
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从法律角度，确保农村自建房房产证申请得到处理，您可：1.确保申请资料齐全，符合当地规划和建设要求；2.密切关注申请进度，主动与国土局沟通；3.若遇拖延或不作为，依据《行政许可法》等法律法规，通过行政复议或行政诉讼途径维护自身合法权益。