公司不一次性结清员工离职工资违法。依据《劳动法》等相关规定，解除劳动合同时应一次性结清工资，否则将侵害员工合法权益，可能导致员工生活困难及法律纠纷。
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员工离职工资未结清，常见处理方式有协商、投诉、仲裁。可先与公司协商，协商无果则向劳动监察部门投诉，仍无法解决时可申请劳动仲裁，根据裁决结果决定是否提起诉讼。
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公司应结清离职工资。操作如下：1.与公司沟通，要求立即结清；2.若拒绝，向劳动监察大队投诉并提供证据；3.仍不解决，申请劳动仲裁，提交工资记录等证据；4.仲裁不服，可向法院提起诉讼。